Omicron effacera-t-il delta pour toujours ?

Six semaines après avoir été signalé pour la première fois en Afrique du Sud le 24 novembre, la variante omicron du coronavirus balaie la variante delta précédente.

Cela signifie-t-il qu’omicron effacera le delta pour de bon ? Ou les deux souches co-circuleront-elles pour toujours ?

De plus en plus, il semble que la prise de contrôle d’omicron sur delta soit assurée – et il est peu probable que delta refait surface de manière significative, même après qu’omicron ait brûlé la population. Dans de nombreux États, l’omicron représente désormais 99 % ou plus de toutes les infections à coronavirus, selon une analyse de Trevor Bedford, biostatisticien et biologiste au Fred Hutchinson Cancer Research Center de Seattle. Bedford et ses collègues ont été suivi des séquences génétiques collectées auprès de patients COVID-19 et ont découvert que les infections à omicron ont commencé à être plus nombreuses que les infections delta de la mi-décembre à la fin de décembre. Même dans les états avec relativement moins d’omicron, la variante est responsable de 80% ou plus des cas, Bedford a écrit sur Twitter le 5 janvier.

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Lorsque l’omicron est apparu pour la première fois, les chercheurs craignaient que les deux variantes puissent co-circuler. Il était clair qu’omicron pouvait se propager comme une traînée de poudre, mais il n’était pas clair si cela était dû à une meilleure capacité de propagation intrinsèque, ou si omicron échappait simplement à l’immunité chez les personnes vaccinées et précédemment infectées, lui donnant des cibles que delta n’a pas ont. Il s’avère cependant que l’omicron échappe à l’immunité. Mais il est aussi intrinsèquement deux à trois fois plus transmissible que delta, ce qui explique la domination mondiale d’omicron.

« Si vous les mettez en concurrence directe, omicron va gagner, donc c’est ce qui va se passer dans la population », a déclaré le Dr Shiv Pillai, professeur de médecine à la Harvard Medical School qui étudie le système immunitaire. « Les gens seront plus susceptibles d’être infectés par omicron que par delta, donc delta disparaîtra lentement et omicron prendra le relais. »

Omicron est généralement moins sévère que delta, grâce à un mélange d’immunité préexistante dans la population et à la préférence d’omicron pour se multiplier dans les bronches, ou les voies respiratoires, plutôt que dans les poumons. Cela signifie que sa prise de contrôle pourrait finalement entraîner moins de morts que si delta avait poursuivi son assaut sans entrave. Et l’énorme vague d’infections à omicron pourrait finalement fournir une certaine protection contre de futures variantes et nous rapprocher de la fin de la pandémie, a déclaré un expert à Live Science. Pourtant, la possibilité de nouvelles variantes existe et une certaine forme de virus sera avec nous dans un avenir prévisible.

Immunité croisée

La protéine de pointe de la variante omicron présente des dizaines de changements dans ses protéines par rapport à la protéine de pointe delta. Cette protéine est la clé que le virus utilise pour pénétrer dans les cellules ; c’est aussi la cible de la anticorps généré par le Vaccins contre le covid-19.

Cela signifie que même si une personne a été infectée par une variante antérieure ou a été vaccinée, son système immunitaire ne produira pas d’anticorps bien adaptés à l’omicron ; leurs anticorps sont à la place amorcés pour cibler la protéine de pointe de la variante originale du SRAS-CoV-2 (qui est plus similaire au delta qu’à l’omicron). Cependant, il existe encore de nombreuses formes d’acides aminés en commun entre les deux pointes, a déclaré Pillai à Live Science. Ainsi, les chercheurs s’attendent à un certain niveau d’immunité croisée entre les deux.

UNE petite étude d’Afrique du Sud, qui n’a pas encore été évalué par des pairs, a montré que cette réactivité croisée existe bel et bien. L’étude a examiné les réponses immunitaires chez les personnes vaccinées et non vaccinées infectées par l’omicron. Les chercheurs, dirigés par Alex Sigal de l’Africa Health Research Institute à Durban, ont recruté huit participants non vaccinés et sept vaccinés atteints d’infections révolutionnaires. Trois des patients vaccinés avaient reçu deux doses de vaccin de Pfizer, trois avaient reçu une seule injection de J&J et un avait deux injections de J&J.

Les chercheurs ont prélevé du sang sur les personnes infectées environ quatre jours après le début de leur maladie, puis à nouveau deux semaines plus tard. Ils ont ensuite exposé le coronavirus en laboratoire aux échantillons de sang, testant la première ligne de défense du corps : les anticorps neutralisants. Ces anticorps se lient au virus, l’empêchant de pénétrer dans les cellules.

Sans surprise, par rapport au sang prélevé initialement, le sang de deux semaines plus tard a montré une augmentation de 14,4 fois de sa capacité à neutraliser l’omicron dans une culture de laboratoire du virus. Mais la neutralisation du delta a également augmenté, augmentant de 4,4 fois. Cela signifie qu’une infection par omicron devrait également renforcer la protection contre delta.

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Ce n’était pas surprenant, a déclaré Pillai. Lorsqu’il est exposé au coronavirus, le système immunitaire crée des anticorps qui reconnaissent la forme de différentes parties de la protéine de pointe. Certaines de ces formes sont les mêmes sur omicron et delta, donc certains anticorps anti-omicron se battront également contre delta.

C’est le même mécanisme par lequel une dose de rappel du vaccin fonctionne, a ajouté Pillai. Une étude récente dirigée par Alejandro Balazs, immunologiste au Ragon Institute of Massachusetts General Hospital, au MIT et à Harvard, et publiée sur la base de données de préimpression MedRxiv ont constaté que si deux doses de vaccin n’ont suscité aucune capacité de neutralisation contre omicron, une dose de rappel a combattu la variante, et avec une réponse seulement quatre à six fois moins forte que contre la souche de coronavirus d’origine. C’est remarquable, étant donné qu’un rappel introduit encore une fois le système immunitaire à la protéine de pointe d’origine. Mais cette réintroduction augmente les niveaux d’anticorps très élevés, a déclaré Pillai. Une fraction de ces nombreux anticorps est à réaction croisée – ils se lient aux bosses de forme similaire sur omicron et delta. Une concentration suffisamment élevée d’anticorps contre ces formes partagées peut toujours bloquer l’infection, même si de nombreux anticorps générés par le vaccin ne sont pas conçus pour l’omicron.

« Ce sont les anticorps contre ces bosses communes qui nous protègent lorsque nous sommes boostés », a déclaré Pillai.

Dynamique de transmission

La douceur apparente d’Omicron par rapport à delta est une doublure argentée de sa domination. Chez une personne donnée, attraper omicron est probablement moins dangereux que attraper delta (en particulier pour les vaccinés). Cependant, le nombre absolu d’infections percées d’omicron est plus élevé que pendant l’onde delta, ce qui signifie que les prochaines semaines seront difficiles : l’écrasement général des personnes infectées en même temps pèse toujours sur les ressources de santé au niveau de l’onde delta ou pire. . Selon Notre monde en données, il y avait 119 661 patients hospitalisés avec COVID-19 aux États-Unis au 6 janvier, battant le sommet de la vague delta de 97 811 et approchant le pic de l’hiver dernier de 133 268.

Mais dans les mois à venir, l’onde omicron donnera également à de nombreuses personnes une nouvelle immunité contre le coronavirus, y compris une immunité à réaction croisée qui pourrait les protéger des conséquences les plus graves si une autre variante émergeait.

Cependant, l’étude sud-africaine souligne également pourquoi la soi-disant «immunité naturelle» de l’omicron ne suffit pas à elle seule à protéger les gens contre la réinfection ou de nouvelles variantes. L’étude a révélé des réponses anticorps plus fortes à l’infection par l’omicron chez les personnes précédemment vaccinées et des réponses plus variables chez les personnes non vaccinées – dans certains cas, l’infection a induit de fortes réponses en anticorps et dans d’autres, des réponses assez faibles. (Cela peut être dû au fait que le virus peut activer des protéines qui désactivent ou bloquent la réponse immunitaire optimale – ce que la vaccination ne fait pas.) Les anticorps neutralisants de l’infection diminuent également avec le temps, tout comme les anticorps neutralisants de la vaccination.

« Les données concrètes vous diront que l’infection peut vous protéger contre l’infection dans une certaine mesure, mais en ce qui concerne l’hospitalisation et la maladie, ce n’est pas aussi efficace », a déclaré Pillai.

En fin de compte, a déclaré Pillai, une combinaison de vaccins et d’omicron pourrait aider à faire passer le monde d’un état pandémique à un état endémique, ce qui signifie que la plupart des gens auront une immunité préexistante contre le coronavirus et que les pics d’infection deviendront moins désastreux en termes d’hospitalisation, maladie grave et la mort. Néanmoins, la baisse de l’immunité signifie probablement qu’une certaine version du coronavirus persiste et que les personnes peuvent devenir vulnérables à des conséquences graves à mesure qu’elles s’éloignent d’une infection précédente ou de vaccins de rappel. Il est également possible qu’une variante d’évasion immunitaire plus sévère puisse apparaître. À l’avenir, a déclaré Pillai, les médicaments antiviraux tels que le Paxlovid de Pfizer, qui s’est montré prometteur dans les essais cliniques, sera probablement la clé pour réduire les dommages causés par la circulation continue du SARS-CoV-2.

Publié à l’origine sur Live Science