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E. coli est un type de bactérie qui a été un problème de santé majeur et a entraîné de nombreux décès. Alors que la bactérie se trouve dans les intestins d’humains et d’animaux sains, l’histoire de son évolution est restée inconnue. Aujourd’hui, des chercheurs de l’Université McMaster ont réussi à reconstruire le premier génome ancien d’E. coli en utilisant le calcul biliaire d’une momie italienne du XVIe siècle. E. coli ne conduit pas à des pandémies et est plutôt considéré comme un commensal. Ces types de bactéries se cachent à l’intérieur de notre corps et attendent d’attaquer l’hôte lorsqu’il devient vulnérable. Ils attaquent généralement dans des conditions telles que le stress, l’immunodéficience ou la maladie.
Une pandémie comme la peste noire, qui a fait environ 200 millions de morts dans le monde, est bien documentée. Mais, il n’y a pas de données historiques disponibles sur les vies perdues à cause d’E. coli, même lorsque la bactérie a également eu un impact significatif sur la santé humaine.
« Une concentration stricte sur les agents pathogènes à l’origine de la pandémie en tant que seul récit de la mortalité de masse dans notre passé passe à côté du lourd fardeau qui découle des commensaux opportunistes entraînés par le stress des vies vécues », a dit le généticien évolutionniste Hendrik Poinar, directeur du Centre de l’ADN ancien de McMaster et chercheur principal à l’Institut Michael G. DeGroote de recherche sur les maladies infectieuses de l’université.
Dans l’étude publiée dans Biologie des communications, les chercheurs visaient à créer l’ancêtre de E. coli vieux de 400 ans qui leur donnerait un aperçu de son évolution jusqu’à présent. Ils ont utilisé des fragments de corps momifiés d’un groupe de nobles italiens qui ont été déterrés de l’abbaye de Saint Domenico Maggiore à Naples en 1983.
L’équipe a analysé la momie d’un des nobles qui serait décédé en 1586 à l’âge de 48 ans. Les chercheurs ont également noté que l’individu avait des calculs biliaires et souffrait d’une inflammation chronique de la vésicule biliaire à cause de cela.
«Lorsque nous examinions ces restes, il n’y avait aucune preuve indiquant que cet homme avait E. coli. Contrairement à une infection comme la variole, il n’y a pas d’indicateurs physiologiques. Personne ne savait ce que c’était », a déclaré George Long, étudiant diplômé en bioinformatique à McMaster. Long est également l’auteur principal de l’étude et a mené l’analyse de la momie.
Les chercheurs ont isolé les fragments de la bactérie du corps et ont utilisé le matériel pour développer le génome. Grâce à cela, ils ont pu comprendre les fonctions du génome et espèrent maintenant aider d’autres chercheurs à la recherche de ces agents pathogènes cachés.
La plupart des formes d’E. coli ne présentent pas de danger pour leur hôte tant qu’elles vivent dans leurs intestins. Mais, certaines souches se sont avérées provoquer même des épidémies mortelles d’intoxication alimentaire et des infections du sang. De plus, E.coli est adaptable ce qui le rend résistant aux traitements.
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